要开始口袋妖怪火红的二周目玩法，首先需要完成一周目的全部主线剧情，这包括击败关都地区的八大道馆馆主、挑战精灵联盟并战胜四天王及冠军。通关后体系会自动进行存档，玩家只需从头读取这个通关存档，就可以直接进入二周目的内容，游戏会从真新镇的主角家中从头开始。

进入二周目后，大木博士会主动上门拜访玩家，如果玩家的宝可梦图鉴已经收集了超过60种不同的宝可梦，大木博士会帮助将图鉴更新为全国图鉴玩法，这是解开后续七岛探险等新内容的决定因素前提。图鉴更新后，前往精灵联盟会发现冰系天王科拿暂时离岗，这标志着新的剧情线已经开始。

接下来玩家需要从枯叶市的码头乘船前往一之岛，在岛屿的网络中心和NPC对话后，会得知修复通信机器需要一块红宝石。返回灯火山区域，在右侧洞穴中击败两名火箭队残党，接着深入洞穴内部找到红宝石，将其交还给网络中心的NPC后，可以获取彩虹通行证，这个道具允许玩家自在穿梭于七岛之间，为后续任务铺平道路。

拿到彩虹通行证后，冒险的重点转给四之岛至七之岛的连续任务。在四之岛可以进入科拿家右侧的冰洞获取HM07攀瀑技能，五之岛的火箭队仓库需要密码才能进入，而六之岛的标记森林和变化洞穴藏有独特宝可梦和道具，玩家还需在六之岛的洞穴中按顺序通过机关找到蓝宝石，但会被跟踪的NPC抢走并留下密码提示。

最终玩家需返回五之岛的火箭队仓库，输入之前获取的两组密码，击败仓库内的首领夺回蓝宝石，将其带回一之岛完成机器修复，这样就能解开全国图鉴通信功能并挑战强化版四大天王。整个二周目流程围绕宝石收集和七岛寻觅展开，完成后玩家可自在捕捉火焰鸟、闪电鸟、急冻鸟和超梦等稀有宝可梦。