口袋妖怪火红游戏中前往其他岛屿的核心前提是完成关都地区的主线剧情，即击败八个道馆馆主并成为联盟冠军。之后需要捕捉至少60种不同的宝可梦，以便大木博士在真新镇的研究所为你将图鉴更新为全国图鉴。完成这两个条件后，前往枯叶市的港口，和码头边的船员对话即可运用船票搭乘海狮号渡轮，你的群岛之旅便正式开始了。

抵达第一岛后，首要任务是前往岛屿上的宝可梦中心或实验室，和内部的职业人员对话。这里会涉及到红蓝宝石通讯机器的剧情，你需要接受任务并拿到三个岛的通行证，这是自在往返于前多少岛屿的决定因素道具。之后你可以选择继续在第一岛寻觅灯火山等地，或者直接返回码头和船长对话，选择前往下壹个目的地。

从第一岛乘船来到第二岛，你会发现岛屿中部有一只卡比兽在睡觉，挡住了去路。要化解这个难题，你必须返回关都地区的紫苑镇，在宝可梦塔顶层完成解救富士老人的剧情，之后他会赠和你宝可梦笛子。带着笛子回到第二岛对卡比兽运用，就能唤醒它并清除障碍。第二岛上还有回忆技能小屋等设施，寻觅完毕后再次找船长即可前往第三岛。

在第三岛，你会接到帮助一位父亲寻找走失女儿的任务。前往岛屿上的森林深处，找到小女孩并化解她身边的宝可梦，即可完成任务。完成第三岛的事件后，需要重返第一岛推进决定因素的红宝石任务。前往灯火山（即捕捉火焰鸟的洞穴），击败洞口的火箭队成员后进入深处，利用碎岩术和闪光术寻觅洞穴，在最底层取得红宝石，并将其带回第一岛交给对应的职业人员。这个流程是解开前往第四至第七岛航线的必要条件。

解开航线后，从枯叶市码头坐船就能选择前往第四岛。第四岛的主要寻觅区域是岛屿右侧的冰之洞窟，洞内地面湿滑且有推石机关，你需要在这里取得秘传进修器登瀑术。第五岛则需留意岛屿左下角，运用冲浪术给左前进可以抵达壹个拥有复杂推石迷宫的山洞，完成迷宫后能进入岛屿上的火箭队仓库，这里需要输入之前剧情中获取的密码才能开始大门。

前往第六岛后，从码头右侧运用冲浪可以到达遗迹山谷，穿梭森林后能在尽头找到壹个需要运用一字斩开门的小洞穴。进入洞穴内部一个路线迷宫，按照特定顺序行进可以获取蓝宝石，但宝石会被火箭队研究员抢走并留下一段新密码。你需要带着密码回到第五岛的火箭队仓库，击败内部的成员才能夺回蓝宝石。将蓝宝石带回第一岛交给职业人员，便能完全恢复机器功能，至此全部主要岛屿的路线和核心任务就基本串联完成了。